- Source: Agus Dwikarna
Agus Dwikarna dituduh mantan anggota dan fasilitator Jemaah Islamiyah (JI) untuk Al-Qaeda di Indonesia. Pada bulan Juni 2000, Agus Dwikarna bekerja sebagai kepala daerah Yayasan Al-Haramain Indonesia. Ia menggunakan yayasan ini untuk menyalurkan uang Al-Qaeda ke Asia Tenggara dan melindungi identitas agen-agen Al-Qaeda sebagai pekerja amal. Dwikarna dipercaya untuk mengelola sebuah kamp pelatihan Al-Qaida di pulau Sulawesi. Ia juga pernah menjadi mantan ketua Komite Persiapan Penegakan Syariat Islam (KPPSI).
Pada bulan Juni 2010, dia membimbing Ayman Muhammed Rabi al-Zawahiri dan Mohammed Atef, yang juga dikenal sebagai Sobhi Abdel Aziz Mohamed el Gohary Abu Sinna (almarhum), kepala militer Al-Qaeda, dalam kunjungan mereka ke provinsi Aceh di Indonesia. Padahal ia ditangkap pada tanggal 13 Maret 2002 saat hendak naik pesawat di Bandara Internasional Ninoy Aquino di Manila, Filipina bersama dengan Tamsil Linrung dan Abdul Jamal Balfas. Petugas keamanan menemukan peralatan pembuatan bom di kopernya. Dia dijatuhi hukuman 12 tahun penjara (2002-2014) di Pengadilan Pasay Regional Trial dengan tuduhan memiliki bahan peledak secara ilegal. Hingga saat penangkapannya, Dwikarna adalah tokoh utama Laskar Jundullah, sayap militer Majelis Mujahidin Indonesia (MMI), yang dibentuk pada bulan Agustus 2000 oleh Abu Bakar Ba'asyir.
Pada tanggal 9 September 2003, Agus Dwikarna dimasukkan dalam daftar Komite Sanksi Al-Qaeda dari Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) sesuai dengan paragraf 1 dan 2 dari Resolusi 1390 (2002) karena memiliki kaitan dengan Al-Qaeda, Usamah bin Ladin atau Taliban karena telah "berpartisipasi dalam pembiayaan, perencanaan, fasilitasi, persiapan atau pelaksanaan tindakan atau kegiatan oleh, sehubungan dengan, atas nama, atau untuk mendukung", "memasok, menjual atau mentransfer senjata dan materi terkait ke" atau "mendukung tindakan atau kegiatan dari" Al-Qaeda dan Jemaah Islamiyah.
Pada tanggal 1 Januari 2014, Dwikarna secara resmi dilepaskan dari Biro Koreksi di Kota Muntinlupa, Filipina, untuk kemudian dideportasi ke Indonesia.