Famili protein adalah kelompok
protein yang berhubungan secara evolusi. Di banyak kasus, sebuah
Famili protein memiliki
Famili gen yang sesuai, dengan setiap gen mengodekan
protein sesuai dengan relasi 1:1. Istilah
Famili protein tidak dapat disamakan dengan
Famili yang digunakan pada taksonomi.
protein pada turunan
Famili dari nenek moyang bersama (lihat homologi) secara khusus memiliki struktur tiga dimensi dan fungsi serupa, serta kesamaan urutan secara signifikan. Hal terpenting dari ketiga hal ini adalah kesamaan urutan (biasanya urutan asam amino) karena kesamaan urutan merupakan indikator homologi yang paling ketat dan karenanya merupakan indikator paling jelas dari nenek moyang bersama. Terdapat kerangka yang dikembangkan cukup baik untuk mengevaluasi signifikansi kesamaan di antara sekelompok urutan menggunakan metode penyebarisan urutan.
protein yang tidak memiliki nenek moyang bersama sangat tidak mungkin menunjukkan kesamaan urutan yang signifikan secara statistik, membuat penyebarisan urutan merupakan alat yang kuat untuk mengidentifikasi anggota
Famili protein.
Famili terkadang dikelompokkan bersama ke dalam klad lebih besar disebut superfamili yang didasarkan pada kesamaan struktural dan mekanistik, bahkan jika tidak terdapat homologi urutan teridentifikasi.
Saat ini, lebih dari 60.000
Famili protein telah terdefinisi, tetapi keambiguan pada definisi
Famili protein menyebabkan jumlah yang sangat bervariasi di antara peneliti berbeda.
Terminologi dan penggunaan
Seperti halnya banyak istilah biologi, penggunaan
Famili protein sedikit bergantung pada konteksnya; istilah ini mungkin menyatakan kelompok besar
protein dengan tingkat kesamaan urutan terdeteksi serendah mungkin, atau kelompok
protein sangat sempit dengan urutan, fungsi, atau struktur tiga dimensi yang hampir identik, atau semua jenis kelompok di antara keduanya. Untuk membedakan situasi tersebut, istilah superfamili
protein sering kali digunakan untuk
protein yang jauh terkait dengan keterkaitan tidak terdeteksi oleh kesamaan urutan, tetapi hanya dari sifat struktur bersama. Istilah lainnya seperti kelas, kelompok, klan, subfamili
protein telah diciptakan lebih dari bertahun-tahun, tetapi semuanya mengalami keambiguan penggunaan serupa. Dalam penggunaan umum, superfamili (homologi struktural) memuat
Famili (homologi urutan) yang memuat subfamili. Oleh karena itu, superfamili, seperti protease klan PA, memiliki urutan terkonservasikan jauh lebih sedikit dibandingkan dengan salah satu
Famili yang dimuatnya,
Famili C04. Sepertinya tidak mungkin definisi yang pasti akan disetujui dan definisi diserahkan kepada pembaca untuk melihat dengan tepat bagaimana istilah-istilah ini digunakan dalam konteks tertentu.
Kegunaan dan kepentingan
Karena jumlah total
protein terurutkan meningkat dan minat dalam analisis proteom berkembang, terdapat upaya berkelanjutan untuk mengatur
protein ke dalam
Famili dan untuk mendeskripsikan komponen domain dan motifnya. Identifikasi
Famili protein tepercaya penting pada analisis filogenetik, anotasi fungsional, dan eksplorasi keberagaman fungsi
protein pada cabang filogenetik yang diketahui. Enzyme Function Initiative (EFI) menggunakan
Famili dan superfamili
protein sebagai dasar perkembangan strategi berdasarkan urutan/struktur untuk penugasan fungsional skala besar dari enzim dengan fungsi yang tidak diketahui.
Sarana algoritmik untuk membangun
Famili protein dalam skala besar didasarkan pada pengertian kesamaan. Sebagian besar waktu, satu-satunya kesamaan yang dapat terakses adalah kesamaan urutan.
Terdapat banyak basis data biologi yang mencatat contoh
Famili protein dan mengizinkan pengguna untuk mengidentifikasi jika
protein yang baru diidentifikasi termasuk
Famili yang diketahui. Berikut beberapa contohnya:
Pfam - Basis data penyebarisan dan HMM
Famili protein,
PROSITE - Basis data domain,
Famili, dan situs fungsional
protein,
PIRSF - Sistem Klasifikasi Superfamili,
PASS2 - Penyebarisan
protein sebagai Superfamili Struktural v2 - PASS2@NCBS,
SUPERFAMILY - Perpustakaan HMM yang merepresentasikan superfamili dan basis data (superfamili dan
Famili) anotasi untuk semua organisme tersekuensi secara penuh,
SCOP dan CATH - klasifikasi struktur
protein ke dalam superfamili,
Famili, dan domain.
Secara serupa, terdapat banyak algoritme pencarian basis data, sebagai contoh:
BLAST - Pencarian kesamaan urutan DNA,
BLASTp - Pencarian kesamaan urutan protain,
OrthoFinder Diarsipkan 2021-03-02 di Wayback Machine. - Metode cepat, berskala, dan akurat untuk penggugusan
protein ke dalam
Famili (ortogrup).
Lihat pula
Famili gen
Superfamili
protein
Subfamili
protein
Struktur
protein
Domain
protein
Penyebarisan urutan
Penggugusan urutan
Anotasi genom
Referensi