Sultan Mudzaffar Syah adalah raja kelima dari Kesultanan Melaka. Dia menggantikan saudara seayahnya, Raja Ibrahim atau Sultan Abu Syahid Syah. Pada masa pemerintahannya Melaka mulai melaksanakan perang ekspansi ke negeri-negeri tetangganya, dan berhasil menundukkan Manjong, Selangor, Batu Pahat, Kampar dan Indragiri. Hal ini mengundang kemarahan Siam yang menyerbu Melaka dua kali, tahun 1445 melalui Pahang dan tahun 1456 melalui laut. Muzaffar Syah digantikan putranya, Raja Abdullah (Sultan Mansur Syah).