Penanda molekuler atau disebut juga Penanda fenotip adalah sekuen DNA yang dapat diidentifikasi dengan suatu metode tertentu yang terdapat pada lokasi tertentu dalam suatu genom yang dapat diwariskan dari satu generasi ke generasi berikutnya. Dengan kata lain, adalah suatu metode yang bertujuan untuk menunjukkan keberadaan suatu urutan DNA pada genom tertentu. Penanda molekuler dapat dikatakan sebagai Penanda genetik. Penanda molekuler memiliki berbagai kelebihan antara lain tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan, terdapat dalam semua genom individu dan Penanda molekuler sangat awet sehingga sangat sedikit perubahan yang terjadi. Jenis Penanda molekuler berbasis PCR (polymerase chain reaction) adalah RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms), SSRs (Simple Sequence Repeats-SSRs), AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphisms), RAPD (Random Amplified Polymorphisms DNA) , STS (Sequence-Tagged Sites), SCAR (Sequence Characterized Amplified Regions), ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat), ESTs (Expressed Sequence Tags), CAPs (Cleaved Amplified Polymorphic Sequences), dCAPS (Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequences), dan MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing).

Referensi